Firma se podílí na výzkumu a vývoji v oblasti řídicích systémů, zpracování informace a podpory rozhodování. Dlouholetá spolupráce je rozvinuta zejména s Oddělením adaptivních systémů Ústavu teorie informace a automatizace Akademie věd České republiky v Praze (ÚTIA). ÚTIA poskytuje stálé teoretické zázemí, COMPUREG je aplikačně orientován - společně se oba subjekty opakovaně podílejí na národních a mezinárodních výzkumných projektech.
COMPUREG je členem výzkumného centra DAR (Data, Algoritmy, Rozhodování), podporovaného Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy ČR.
V rámci programu Eurostars byl 1.7.2009 zahájen výzkumný projekt ProBaSensor (Probabilistic Bayesian soft sensor), ve kterém se COMPUREG účastní ve funkci koordinátora. Dalšími partnery v projektu jsou ÚTIA, Institut Jožefa Stefana v Lublani a slovinská firma INEA, d.o.o.
___________________________________
Projekt BADDYR (Bayesovské adaptivní distribuované dynamické rozhodování) probíhal do 31.12.2007 v rámci programu Informační společnost, který vyhlásila Akademie věd ČR.
V minulých letech firma spolupracovala společně s ÚTIA s řadou zahraničních univerzit a výzkumných ústavů v rámci evropských projektů ProDacTool, EUROPOLY a DYCOMANS2.
Dalším významným partnerem v oblasti výzkumu je Katedra Kybernetiky Západočeské univerzity v Plzni (ZČU).